Masjid Baiturrahman merupakan masjid kampus terbesar di Sumatera Utara. Masjid ini merupakan pusat ibadah sivitas akademika Unimed dan masyarakat sekitar kampus. Selain untuk melaksanakan ibadah salat wajib, masjid ini juga digunakan sebagai tempat penyelenggaraan acara hari besar Islam seperti Idul Fitri, Idul Adha, dan Maulid Nabi Muhammad SAW. Masjid ini terletak persis di depan Unimed dan dekat dengan asrama sehingga mudah dijangkau masyarakat.